Proje yönetimi alanında karşılaşılan en büyük sıkıntılardan biri, projenin ne olduğunu herkesin tam olarak aynı şekilde anlamamasıdır. Ortamlar arasında farklı görüşler bulunabiliyor; yeni bir fikre bile proje deniyor. Aslında tanım itibarıyla proje, belirli bir sonucu oluşturmak için eşsiz bir ürünü ortaya çıkarmakla ilgilidir. Bu bir elle tutulur ürün, bir hizmet veya yeni bir departman olabilir. Sonuca ulaşmak için harcanan geçici bir çalışmalar bütünü vardır; yani bir başlangıcı ve bir bitişi olmalıdır.

Projenin operasyonlardan en büyük farkı, operasyonların işletmelerde sürekli tekrarlanan faaliyetler olmasıdır. Projeler ise belirli bir başlangıç ve bitiş süresine sahip, bu süre içinde bir ürün üreten faaliyetlerdir. Yani sadece bir yeni fikir bir proje değildir; o yeni fikrin üretilmesi sonucu ortaya çıkan bir projedir. Ya da o yeni fikri üretmek için yapılan araştırmalar bütünü de bir projeyi temsil eder. Fikrin doğuşuyla başlar, araştırmanın neticelenmesi ve fikrin oluşturulmasıyla sona erer. Bu farkı ayırt etmek önemlidir.

Bir başka sıkıntı da, yönetilen projelerin sistematik bir metodolojiyle yönetilmemesidir. Birçok farklı metodoloji bulunmaktadır; örneğin, PRINCE2 ve Türkiye'de yaygın olarak kullanılan Project Management Institute metodolojisi gibi. Son zamanlarda Project Management Professional (PMP) sertifikaları da alınmaya başlandı. Bu sıradaki metodolojilerin etkin uygulamaları önemli olsa da, firmaların kendi geliştirdikleri metodolojiler eksik kalabiliyor.

Sistematik olarak yayınlanmış bir metodoloji kullanıldığında, projenin içinde yer alan bütün farklı bilgi alanları entegre bir şekilde yönetilmelidir. Bunlar maliyetler, zaman yönetimi, riskler, proje ürününün kalitesi, proje süreçlerinin kalitesi, satın alma süreçleri ve paydaş ilişkileri gibi alanlardır. Bu metodolojiler, hiçbir bilgi alanının gözden kaçmamasını sağlıyor. Doğaçlama metodolojiler uygulandığında ise genellikle risklerin değerlendirilmesi ya da maliyetlerin doğru bir şekilde kontrol edilmesi unutulabiliyor. Bu da birçok farklı sorunun ortaya çıkmasına neden olabiliyor.