Kulübün organizasyonel yapısı dikey bir yapılanmadır. Temelini kulübe yeni adım atan üyelerin oluşturduğu BUİK, üyelerle yakın ilişkide olan ve onların gelişimlerini takip eden koordinatörler, koordinatörlerin bağlı olduğu yönetim kurulu ekibi ve kulüp başkanından oluşur. İçteki bu yapılanmaya ek olarak BUİK'te Denetim Kurulu, Danışman Hocalar ve Profesyoneller de BUİK'in organizasyonel yapısında yer alır.
BUİK'te 6 farklı alt kurul bulunur. Her yönetim kurulu üyesi bir alt kurulun direktörlüğünü yapar. Her alt kurul, 1 direktör, 4 koordinatör ve ortalama 30'dan fazla aktif üye ile etkinliklerini organize eder.
Ekonomi ve Finans, Satış ve Pazarlama, İş Dünyası ve Yönetim, Reklamcılık, İnsan Kaynakları ve İletişim, Girişimcilik ve İnovasyon olmak üzere 6 alt kurula ayrılır. Her alt kurulun 1 direktörü ve 4 koordinatörü vardır.
Boğaziçi Üniversitesi İşletme ve Ekonomi Kulübü yönetim kurulu 1 başkan ve 6 yönetim kurulu üyesinden oluşmaktadır. Her yönetim kurulu üyesi eş zamanlı olarak bir alt kurulun direktörlük görevini de yürütmektedir. Her alt kurul 1 direktörün yanında koordinatörlerden oluşur. Alt kurullarımızın her biri kendi alanlarında çalışmalar yürütmekte ve sene boyunca birbirinden farklı aktiviteler ortaya çıkarmakta.