İlahiyat bölümü Felsefe grubu (Sosyoloji,Psikoloji,Mantık) ile, İslami İlimler ise Temel İslam Bilimleri (Tefsir,Hadis,Kelam) ile daha ilgilidir. İlahiyat bölümünde istenirse başka dinlerin araştırma ve öğretimi için (Dinler Tarihi hariç) ayrı bir bölüm (Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nde Dünya Dinleri Bölümü bulunuyor.) açılabilir.İslami İlimler Fakültelerinde böyle bir yapı yoktur. Dolayısıyla aralarında ki fark da bu kadardır.