Öncelikle, gemi inşaatı ve denizcilik fakültemiz iki bölümden oluşmaktadır. Bunlardan biri Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği bölümü, diğeri ise Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği bölümüdür. Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği bölümü, gemi imalatı ile ilgili mühendislik eğitimi veren bir bölümdür. Diğer yandan, Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği bölümü, gemilerde çalışan makine zabitlerini, yani makine sınıfı personeli mühendislerini yetiştiren bir bölümdür.

Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği bölümünün ders içerikleri daha çok mühendislik ve tasarıma yönelik olup; gemi yat tasarımı ve gemi makine tasarımı gibi dersleri içermektedir. Gemi Makineleri İşletme Mühendisliği bölümünün ders içerikleri ise ağırlıklı olarak operasyona yönelik derslerdir. Bu bölümde, gemideki fiili olarak gemi makine operasyonlarını içeren dersler verilmektedir.