Her ne kadar özgür üniversite ortamından bahsettiysem de İTÜ, Türkiye'nin akademik sisteminden, YÖK'ten bağımsız değil. Türkiye'nin kalanında yaşanan bazı sorunlar İTÜ'de de mevcut. Sadece biz öğrenciler olarak kendimizi biraz yalıtmaya çalışıyoruz.
Bunun dışında İTÜ'nün en büyük sorunu barınma. Öğrencileri için yeterince yurt imkanı sağlayamamakta. Her sene yurtlara başvuran pek çok kişi açıkta kalıyor ve yurtlara yerleşebilmek için birkaç ay beklemek zorunda kalabiliyorlar. İstanbul'un yaşam pahalılığı dolayısıyla öğrenim hayatları boyunca -haklı olarak- yurtlarda barınmak isteyen öğrenciler var ve İTÜ bu konuda yeterli değil. Yeni kız yurtları yapıldı ama erkek yurtları gerçekten az. En son inşa edilen erkek yurdu 2000'de açılan Vadi yurtları. O zamandan beri üniversite gittikçe kalabalıklaştı, yeni bölümler açıldı ve kontenjanlar artırıldı. Ama yurtlar konusunda henüz somut bir adım atılmış değil.
Ayrıca pek çok üniversitede olduğu gibi İTÜ'de de çok sıkıntılı bir ders kayıt sistemi var. Her dönem ders seçiminde sıkıntılar doğuyor, sistem kilitleniyor. Kontenjanlar da yetmeyebiliyor ve istediğiniz dersi alamayabiliyorsunuz. Bunlar önemli sorunlar ve henüz aşılacağa benzemiyor.
Makina mühendisliği bölümünde de çok önemli sorunlar mevcut. 2011'de ders programında çok büyük değişiklikler yapıldı ve maalesef makina fakültesi bu değişiklikler için yeterince hazırlanmış değildi. Bu da bazı kritik derslerin sadece belirli dönemlerde açılmasına yol açıyor. Sadece tek dersten kalarak okulu uzatmanız mümkün.